São competências do Director-Geral:
a) Dirigir e representar a Agência do Zambeze no plano interno e internacional;
b) Convocar e presidir as sessões do Conselho de Direcção;
c) Submeter à aprovação do Ministro de tutela as propostas dos planos de actividade e orçamento da Agência do Zambeze;
d) Mobilizar recursos financeiros para a implementação de projectos e programas;
e) Propor ao Ministro de tutela medidas legais ou outras consideradas recomendáveis para o melhor desempenho das suas atribuições;
f) Submeter à aprovação do Ministro de tutela os relatórios periódicos relativos ao desempenho da Agência do Zambeze bem como o relatório anual sobre a execução do orçamento;
g) Exercer o poder disciplinar sobre os funcionários e agentes do Estado em serviço na Agência do Zambeze; e
h) Exercer outras funções que lhe sejam atribuídas pelo Ministro de tutela.